云南生物有機肥依據作物的不同選擇不同的施肥方法，常用的施肥方法有：
撒施法：聯結深耕或在播種時將生物有機肥均勻地施在根系集中散布的區域和經常維持濕潤情況的土層中，做到土肥相融。
條狀溝施法：條播作物或葡萄、獼猴桃等果樹，開溝后施肥播種或在距離果樹5厘米處開溝施肥。
環狀溝施法：蘋果、桃、柑橘等幼年果樹，距樹桿20—30厘米，繞樹桿開一環狀溝，施肥后覆土。
施射狀溝施：蘋果、桃、柑橘等成年果樹，距樹干30厘米處，按果樹根系舒展情況向四周開4—5個50厘米長的溝，施肥后覆土。
穴施法：點播或移栽作物，如玉米、棉花、西紅柿等，將肥料施入播種穴，此后播種或移栽。
拌種法：玉米、小麥等大粒種子，用4千克生物有機肥與畝用種子量拌勻后一起播入泥土；油菜、煙草、蔬菜、花卉等小粒種子，用1千克生物有機肥與畝用種子量拌勻后一起播入泥土。
蘸根法：對移栽作物，如水稻、西紅柿等，按生物有機肥加5份水配成肥料懸濁液，浸蘸苗根，此后定植。
蓋種肥法：開溝播種后，將生物有機肥均勻地覆蓋在種子上面。